《长相思》将故事背景设置在上古时期。名为轩辕王姬妭与八世俊帝高辛少昊之女，实为轩辕妭与蚩尤之女小名小夭的高辛玖瑶在不知晓自己身世的情况下一直被母亲轩辕王姬寄养在玉山王母身边。不久后，轩辕黄帝和神农蚩尤的大战爆发。玖瑶久等不见亲人来接，故对其父心生误会，自行逃离了玉山。逃亡途中，玖瑶也经历了种种磨难，在经历了世事之后，玖瑶最终选择了隐姓埋名女扮男装做了名小医生。一次偶然的机会，玖瑶救起了被兄长残害的涂山璟。久而久之，璟对玖瑶产生了不一样的感情，然而因为自感卑微而只是一直默默爱着玖瑶，从未敢对玖瑶表达。后来，九头妖相柳在一次偶然的计划下发现玖瑶竟然可以帮助自己疗伤。于是，相柳屡次将玖瑶掠走。渐渐地，渐渐地，相柳也对玖瑶萌生了情愫。